La década del noventa trae grandes satisfacciones para el Club Sport Emelec y su hinchada. En 1991, se reinagura el Estadio Capwell, el equipo vuelve a su casa tradicional y el respaldo de sus hinchas no se hizo esperar, convirtiéndose por estos años en el club más taquillero del país. Para 1992, Nassib Neme contrata para Emelec a los mejores jugadores del seleccionado preolímpico sub-23, que venía de hacer una buena participación en Paraguay. Llegan Ivan Hurtado, Angel Fernández, Máximo Tenorio, Jacinto Espinoza y de las divisiones menores del club surge Danes Coronel. De Argentina, viene Marcelo “Pepo” Morales que se convirtió en el eje conductor del medio campo. Aparece Salvador Capitano, un joven estratega con muchas ideas novedosas. Estas incorporaciones, conjuntamente con jugadores de experiencia como Luis Capurro, Ivo Ron, Jose Federico Minda, Jesús Cárdenas, Enrique Verduga, Kléber Fajardo, Humberto Garcés y Luis Castillo, hicieron de Emelec un gran equipo que jugaba un fútbol moderno, de gran velocidad y con visión ofensiva. Pese a jugar el mejor fútbol y cosechar importantes resultados dentro y fuera del Capwell, Emelec no pudo consolidarse en la Liguilla del 92 y terminó tercero. Muchos decían que se perdió el título por la falta de jerarquía de los jóvenes jugadores para disputar instancias finales. Pero este mismo equipo, tuvo su revancha y al año siguiente le demostró a la crítica y a la hinchada que si eran capaces de ganar un campeonato, con garra y buen fútbol.
En 1994, Emelec repite el título, consiguiendo su primer bicampeonato en torneos nacionales. El D.T. campeón fue Carlos Torres Garcés y la plantilla de jugadores que ganaron el campeonato fue netamente ecuatoriana. Con la misma base de jugadores del 93, reforzados en la delantera con Eduardo “Tanque” Hurtado más la presencia de las revelaciones Augusto Poroso y Jorge Batallas, Emelec brindaba un fútbol arrollador.
1995, fue el año en que Emelec hizo su mejor campaña en Copa Libertadores quedando entre los cuatro primeros de América. Luego de una sacrificada clasificación en la primera ronda ante los poderosos Palmeiras y Gremio de Porto Alegre, Emelec logra eliminar del certamen a El Nacional ganándole 2x0 en el Estadio Atahualpa, en un partido memorable. Luego elimina a Cerro Porteño en octavos de final y al Sporting Cristal en cuartos de final. En semifinal cae ante el Gremio de Porto Alegre que a la postre sería el campeón de la Copa Libertadores en ese año.
En 1996, Emelec tenía una de las duplas más goleadoras del fútbol ecuatoriano: Juárez-Graziani y un buen plantel de jugadores nacionales. En ese año salen de Emelec jugadores insignes como Ivan Hurtado, Máximo Tenorio y Luis Capurro. Internacionalmente, Emelec participa en la Copa Conmebol, llegando hasta cuartos de final. En aquel torneo, Emelec logra su primera victoria en canchas brasileñas, al derrotar 1x0 en Río al Vasco da Gama, con gol de Angel Fernández, sin embargo este importante resultado no le alcanza para clasificar a la siguiente ronda de la Copa. Vuelven los problemas económicos tras la salida de algunos dirigentes de la comisión de fútbol y Emelec pese a ganar partidos importantes (dos clásicos al hilo y una goleada a El Nacional) no pudo quedarse con el título, obteniendo un vicecampeonato. El 97 toma la batuta de la comisión de fútbol Omar Quintana Baquerizo. Llegaron a Emelec algunos jugadores extranjeros que no llenaron las expectativas. La fórmula Juárez-Graziani continuaba con su racha goleadora. Emelec fue irregular en sus partidos y eso le costó quedar sin chance para disputar el campeonato y clasificar a Libertadores.
Para 1998, Omar Quintana apuesta por una nueva generación de jugadores que se venían formando de las divisiones menores gracias al trabajo de un grupo de dirigentes que conformaban la Fundación Capwell. Los nombres de Jaime Ivan Kaviedes, Moisés Candelario, Carlos Hidalgo, Pavel Caicedo, Luis Moreira, Gencarlos Ramos, Manuel Mendoza, Carlos García, entre otros, iban siendo reconocidos por la afición. A esta generación se la bautizó como “Los Extraterrestres”. Continúan en Emelec los experimentados Alex Cevallos, Eduardo Smith, Wilson Carabalí y Carlos Alberto Juárez, contratándose al argentino Jorge “Gallego” Vásquez. En la etapa del Apertura, los muchachos “extraterrestres” deslumbraron con su fútbol, en especial el goleador Jaime Ivan Kaviedes que con sus 43 goles terminó rompiendo un récord que por muchos años lo conservaba Angel Liciardi, además de ser declarado como máximo goleador mundial de la temporada 1998. Emelec queda primero en dicha etapa y asegura su clasificación a la Libertadores y a la finalísima del Campeonato. Por su parte, Kaviedes fue transferido al fútbol italiano y luego al fútbol español.
La etapa de clausura fue muy irregular para Emelec. Se contrata a Marco Antonio Etcheverry para que refuerce la media cancha, pero jugo muy pocos partidos. Emelec tuvo que conformarse con el vicecampeonato nacional. Las temporadas del 1999 y del 2000 fueron en resultados fútbolísticos muy similares. A Emelec se le escapaba en las últimas fechas el título nacional, teniéndose que conformar con un tercer puesto y la consiguiente clasificación a la Copa Libertadores
Pese a jugar el mejor fútbol y cosechar importantes resultados dentro y fuera del Capwell, Emelec no pudo consolidarse en la Liguilla del 92 y terminó tercero. Muchos decían que se perdió el título por la falta de jerarquía de los jóvenes jugadores para disputar instancias finales. Pero este mismo equipo, tuvo su revancha y al año siguiente le demostró a la crítica y a la hinchada que si eran capaces de ganar un campeonato, con garra y buen fútbol. 
